2004年11月，福建省人民政府批准九龙湖风景名胜区为省级风景名胜区；

2006年9月，福建省国土资源厅授予清流县温泉省级地质公园称号；

2014年，国土资源部授予福建清流温泉国家地质公园建设资格；

2014年，清流县人民政府组织编制了《福建清流温泉国家地质公园规划（21014-2025年）》；

2018年12月，清流县人民政府决定对已发布实施的《福建清流温泉国家地质公园规划（21014-2025年）》进行修编；

2019年5月，清流县人民政府发布《福建清流温泉国家地质公园规划修编（21019-2030年）》；

2019年12月，国家林草局委托专家对福建清流温泉国家地质公园（资格）开展实地验收。

2020年5月，国家林草局正式函复同意命名福建清流温泉国家地质公园。