清流县地势自东、南、北三面向中部和西部倾斜，地形起伏，峰峦叠嶂，由于新构造运动的抬升和溪水强烈侵蚀切割，形成境内低山丘陵广布、盆地零星并以低山为主的丘陵山地地貌。全县平均海拔350米，海拔千米以上山峰21座，赖坊大丰山棋盘峰海拔1705.7米为最高点，系三明地区第二高山脉，沙芜洞口村海拔250米为最低点。县境内地形的横向变化具有明显的分带性，北部城关—林畲一带，以低山丘陵为主，地势自西向东呈阶梯状抬高；南部里田—沙芜一带，多分布中山和低山、丘陵和盆地，呈相同排列。

清流县在大地构造上处于华夏古陆南部的永梅拗陷西北部。在福建省区域构造单元划分上属于闽西南拗陷的次级单元明溪—武平坳陷的东部边界附近。自古生代以来，经历了海西、印支、燕山和喜马拉雅期等多次构造变动。NE向浦城一武平大断裂通过本区中部，并与NW向的永安—晋江大断裂在本区交汇，不仅控制了区内的地层、侵入岩分布，而且控制了区内的构造格局。自加里东期起，两大断裂一直处于活动中，形成和派生出一系列的NE、NW向为主的构造形迹。在加里东运动后，区域结束了地槽发展的历史，使扬子和加里东地槽发生强烈摺皱、区域变质和混合岩化作用，并有较大规模花岗岩侵入。公园侵入岩较为发育，有加里东期、华力西-印支期、燕山期和喜马拉雅山期，主要分布于公园东南部。

本区新构造运动主要受喜马拉雅运动控制，地壳运动方向以垂直运动为主，以上升为总趋势。其形迹主要表现为断裂及其伴生的断块差异活动、新生代盆地的发育、地壳变形及温泉有规律分布等。